Municipio perteneciente a la Ruta de los Pueblos Blancos.  Su más emblemático legado histórico es la ciudad romana de Iptuci, situada al sur de la localidad, que ha dejado constancia de la existencia de un asentamiento humano en este paraje de la Sierra de Cádiz desde el Neolítico hasta el siglo XV, pasando por un período de florecimiento durante la dominación romana. 

De una superficie de unas 14 hectáreas, el complejo, que se rodea de un recinto amurallado de unos 70 metros cuadrados, está situado en la cumbre de la Cabeza de Hortales, desde donde se divisa toda la cuenca alta del río Majaceite y la cuenca media fluvial del Guadalete, así como la ciudad romana de Carissa Aurelia, ubicada entre Bornos y Espera.

Los materiales recogidos por los  arqueólogos en 1993-1994 autorizan a afirmar la existencia de un asentamiento en la Edad del Bronce y de otro en la época de los iberos, período al que puede que pertenezca la base de la estructura urbana.               

La ciudad de Iptuci poseyó una notable función tanto estratégica como económica en la época romana. Precisamente, de su importancia económica da idea el hecho de que poseyera acuñación de moneda propia (el perfil de Hércules o de un guerrero por una cara y una rueda por otro, en cuyos radios aparece grabada cada una de las letras de su nombre). Su período de esplendor hay que situarlo entre los siglos I y II d.C. Varias inscripciones dejan constancia de este florecimiento. 

Una de ellas se halla en la pared de la iglesia de Prado del Rey. Se dice en ella que "Fabia Fabiana, hija de Cayo, dispuso en su testamento que en lugar público se le erigiese una estatua. Así lo ha cumplido su hermano Fabio Montano y ha dedicado la estatua en el lugar que le fue otorgado por el esplendísimo ayuntamiento de Iptuci". Iptuci llegó a convertirse en municipio tras la concesión de latinidad por Vespasiano

También han aparecido aquí restos de cerámica de época almohade. Unas "razzias" o incursiones rápidas de tropas cristiana en tierra mora destruyó la ciudad musulmana sucesora de la Iptuci romana. En esta época -bajo el reinado de Alfonso VII- comenzó la decadencia de la ciudad, que pudo seguir habitada por un pequeño grupo humano hasta el siglo XV.

Las excavaciones arqueológicas dirigidas por Concepción Jiménez Pérez pusieron al descubierto en 1994 un verdadero castillo-fortaleza nazarí. Hoy es posible contemplar los restos de entrada "en codo" de doble portada, que poseía una finalidad defensiva, flanqueada por dos torreones, uno de ellos cuadrado, y ambos construidos con relleno de piedra maciza y con terraza en su parte superior.

La construcción de Iptuci es una auténtica torre-fortaleza, lo que la diferencia de otras estructuras conocidas en las proximidades (Aznalmara, Pajarete...), que responden a la tipología de simple torre fortificada. Tiene una superficie exterior de unos 1.600 metros cuadrados e interior de unos 1.000.

En la actualidad se conservan algunos lienzos de murallas, el cipo funerario en la fachada de la Iglesia, y una lámina de cobre del Tratado de Hospitalidad entre la colonia de Ucubi (actual Espejo de Córdoba) y el municipio Iptuci. 

  Los orígenes del actual municipio de Prado del Rey están relacionados con un asentamiento de colonos promovida en la época de Carlos III en dos dehesas entonces pertenecientes a los propios de Sevilla.  Fue el asistente del Cabildo de Sevilla e intendente de Andalucía, Pablo de Olavide, quien en una propuesta elevada al monarca para propiciar el desarrollo del sector agrícola en la región, sugirió la fundación de dos nuevas colonias en las cercanías de Villamartín, en el marco de un amplio plan de colonización de Sierra Morena y Andalucía. Merced a una real provisión, fechada el 29 de abril de 1768, en las dehesas de Prado del Rey y Almajar, se instalaron 189 colonos procedentes de la serranía de Grazalema y Ronda. A estos asentados (conocidos como "pobladores") se les distribuyeron lotes de tierra de una media de 36 fanegas por familia, a cambio del pago de un canon, consistente en la octava parte de la cosecha.
En sus comienzos, el poblamiento se desarrolló con notables dificultades económicas y la oposición política de sectores contrarios a esta iniciativa ilustrada. Pese a ello, los pobladores, lograron hacerse acreedores del derecho a desarrollar su vida en este nuevo paraje. El resultado, más de dos siglos después, es una localidad de habitantes emprendedores.

Pueblo eminentemente agrícola, conoció épocas de gran prosperidad como la originada por la producción de sus  excelentes vinos de "Pajarete", premiados en la exposición de Madrid de 1877, y aguardientes igualmente apreciados.

A partir de los años sesenta se inicia un giro económico en la población gracias a la implantación de la industria artesana de la marroquinería, constituyendo hoy en día su principal factor de producción.